Вскоре был замечен Имраном Захаевым, лидером РУНРП, тот предложил ему работать на ультранационалистов, которые начинали готовится к вооружённой борьбе с правительством. Макаров согласился, ведь после увольнения из армии он возненавидел запад.

В рядах ультранационалистов знания и опыт Владимира оказались очень востребованы, его уважали. В 1996 году он участвует водителем Захаева в Чернобыле, и когда пуля отрывает Захаеву руку, Макаров его и Юрия (он сидел на заднем сидении) поспешно увозит, задавив двух ультранационалистов. В сентябре этого же года Захаев в знак признательности назначает Владимира главой Красного спецназа — отряда лучших бойцов РУНРП, которые совершали теракты по всему миру. Так, они были причастны к двум взрывам в Лондоне и одному в Вашингтоне в октябре-ноябре 1996 года, в результате которых погибло 67 и было ранено более 200 человек, а 15 апреля 2001 организовывает резню в Главном универсальном магазине Москвы, в результате которого погибло 87 человек и около 60 получили ранения. Лично принимал участие в расстреле, но ему удалось выйти из окружения, переодевшись в форму ОМОНа. Также, 31 марта 2003 организовал взрыв самодельной бомбы начиненной поражающими элементами у мавзолея Ленина на Красной площади. Бомба взорвалась на два часа раньше срока и лёгкие ранения получили 11 человек, но площадь была оцеплена до 7 апреля. С 2004 по 2008 годы "Красный Спецназ" занимается в основном, похищениями видных людей с целью получения выкупа. В 2011 начинается Гражданская война, в ходе которой его группировка полностью сосредоточилась на диверсиях в тылу правительственных войск. После смерти Захаева взял на себя бразды правления партией. Через год ультранационалисты победили. После победы РУНРП инициировало президентские выборы, и Макаров был одним из 14 кандидатов. Несмотря на его власть и авторитет в партии, на выборах побеждает Борис Воршевский — сторонник реформистского ультранационализма. Макаров, раздосадованный поражением, объявляет об уходе из партии (за ним последовало много других членов РУНРП, сторонников радикального ультранационализма или "продолжателей дела Захаева").

Так как почти все члены "Красного спецназа" пошли за Макаровым, организация продолжала существовать и функционировать, но уже вне партии. За последующие 3 года террористическая организация Макарова совершила более 30 терактов. Макарову был запрещен въезд в 115 государств мира и он был заочно осужден на 87 пожизненных сроков. Несмотря на это, президент России не стал признавать "Красный спецназ" как террористическую организацию и содействовать другим странам в поимке Макарова. В 2016 году Макаров даже присутствовал на открытии памятника Имрану Захаеву. В том же году с ним связывается генерал армии США Шепард, который платит ему огромные деньги за проведение теракта в Международном аэропорту Захаева, и заодно рассекречивает внедрённого в Красный спецназ члена Оперативно-тактической группы 141 Джозефа Аллена. Перед терактом Макаров выстреливает в Юрия, и думая, что он убит - идет к лифту. После теракта его начинают искать все спецслужбы мира — но безуспешно. 15 августа ОТГ-141 силами двух групп накрывает два убежища в Афганистане и Северной Осетии. Однако, Макаров не был обнаружен ни среди трупов, ни среди пленных. При этом выясняется, что Шепард — предатель. Джон Прайс связывается с ним через спецчастоту, и тот выдаёт ему укрытие Шепарда. После чего говорит "Ладно, встретимся в аду".

Личность